白色にはすべてCaを主成分とした胡粉が用いられている。南天の赤色にはすべてHgを主成分とした辰砂が用いられているが、詳細に観察すると、南天の赤色の実に微妙な色調の違いを確認することができる。X線透過撮影では透過度が大きく異なって写る南天の実があり、蛍光X線分析でもHg検出量に3倍近い差が生じている(01,02)。顔料の厚みを変化させたり、裏彩色を加えたり、染料を賦彩したりすることで、微妙な色調の違いを描き出している。南天の枝(07)や画面左上方の鳥のくちばし(03)には、やや淡い赤色を確認できるが、これらは赤色染料による着色である。黄色が使われている箇所はそれほど多くはないが、鶏の黒目周囲(09)や白い花の花芯(11)ではCaとともにFeが検出される。白い花の花芯では、黄色の下に緑色が存在しているのを目視で確認することができ、それに由来するCuとAsも同時に検出される。画面左上の鳥の身体(05)の黄色部分からはFeは検出されず、黄色染料が使われている。緑色についても、使われている箇所は多くないが、岩の苔(15)や白い花の花芯(11)の下層に確認できる。これらの箇所ではCuに少量のAsを含む顔料が用いられている。画面下方に描かれている草には緑色染料が使われている。岩肌に見られる青色(20)からはCuが大量に検出され、群青が用いられていることがわかる。鶏の黒目(10)からはFeが検出されるが、羽根の黒色部(16,17)からはFeはまったく検出されず、Caだけが検出される。（早川泰弘）
分析装置：セイコーインスツルメンツ（株）SEA200、X線管球：Ph(ロジウム)、管電圧・管電流：50kV・100μA、X線照射径：φ2mm、測定時間：1ポイント100秒、装置先端から資料までの距離：約10mm
表面
| 蛍光X線強度（cps） | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| No. | 測定箇所 | 色 | カルシウム Ca-Kα |
鉄 Fe-Kα |
銅 Cu-Kα |
亜鉛 Zn-Kα |
ヒ素 As-Kα |
金 Au-Lβ |
水銀 Hg-Lβ |
鉛 Pb-Lβ |
| 01 | 南天の実（厚みあり） | 赤 | 29.7 | 215.0 | ||||||
| 02 | 南天の実 | 赤 | 4.0 | 1.3 | 97.4 | |||||
| 03 | 鳥のくちばし | 桃 | 99.7 | |||||||
| 04 | 鳥の顔 | 黄土 | 77.8 | |||||||
| 05 | 鳥の体 | 黄土／赤 | 66.7 | |||||||
| 06 | 鳥の尾羽 | 白 | 144.8 | |||||||
| 07 | 南天の枝 | 薄赤 | 49.6 | 7.9 | ||||||
| 08 | 鶏の鶏冠 | 赤 | 31.5 | 70.8 | ||||||
| 09 | 鶏の目 | 黄 | 76.0 | 24.9 | ||||||
| 10 | 鶏の目 | 黒 | 75.0 | 27.5 | ||||||
| 11 | 菊の花の花芯 | 黄 | 35.0 | 6.9 | 240.8 | 3.5 | ||||
| 12 | 落款 | 赤 | 30.1 | 36.3 | ||||||
| 13 | 鶏の足 | 灰 | 159.7 | |||||||
| 14 | 岩 | 青 | 7.1 | 764.6 | ||||||
| 15 | 岩の苔 | 緑 | 45.9 | 3.7 | 86.9 | |||||
| 16 | 鶏の羽 | 黒茶 | 67.0 | |||||||
| 17 | 鶏の羽 | 黒 | 71.5 | |||||||
| 18 | 地 | 薄茶 | 48.4 | |||||||
| 19 | 鶏の羽 | 灰 | 100.4 | |||||||
| 20 | 岩肌 | 暗青 | 36.5 | 3.0 | 130.7 | |||||
裏面
宮内庁三の丸尚蔵館（当時）提供
| 蛍光X線強度（cps） | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| No. | 測定箇所 | 色 | カルシウム Ca-Kα |
鉄 Fe-Kα |
銅 Cu-Kα |
亜鉛 Zn-Kα |
ヒ素 As-Kα |
金 Au-Lβ |
水銀 Hg-Lβ |
鉛 Pb-Lβ |
| 01 | 鳥の口の実 | 赤 | 4.6 | 152.7 | ||||||
| 02 | 南天の実 Ｘ線透過部 | 赤 | 2.8 | 39.9 | ||||||
| 03 | 南天の実 Ｘ線不透過部 | 赤 | 0.2 | 166.9 | ||||||
| 04 | 南天の実の間 | 白 | 3.3 | 9.2 | ||||||
| 05 | 鳥の体 | 黄 | 38.2 | |||||||
| 06 | 鶏の鶏冠 | 赤 | 25.3 | 37.1 | ||||||
| 07 | 菊の花の花芯 | 黄 | 29.7 | 4.4 | 237.9 | 2.4 | ||||
| 08 | 草 裏彩色あり | 緑 | 3.7 | |||||||
| 09 | 木の枝 裏彩色あり | 灰 | 3.0 | 3.5 | 129.0 | |||||
| 10 | 木の枝 裏彩色なし | 茶 | 5.7 | 9.2 | ||||||
| 11 | 地 | 薄緑 | 3.9 | |||||||
