被称为日本近代西洋画之父的黑田清辉于大正13(１９２４)年临终之前留下遗言，嘱咐后人将其遗产的一部分用于赞助美术方面的事业。黑田纪念馆便是在此后的昭和3(1928)年竣工的。馆内开设了黑田纪念室，用以展览其遗族捐赠的画家遗作，以宣扬画家的功绩。昭和5(1935)年，馆内设置了美术研究所，旨在开展美术方面的学术调查与研究，以及对研究资料的收集工作。这就是现在的东京文化财研究所的前身。研究所在馆内开展了很长时间的工作，直到平成12(2000)年新楼落成。目前研究所在新馆开展业务工作，纪念馆获得了重新利用的机会。鉴于该馆属于昭和初期所建的美术馆(由冈田信一郎设计)，有着很珍贵的价值，改旧翻新以恢复原状为原则。平成13(2001)年9月，重点翻修二楼部分的工作结束后，纪念馆重新开馆。

此次翻修，又增加了纪念室的面积，使得观众能在更为充实的条件下欣赏作品。该纪念室除有黑田清辉的油彩画126件，素描170件以外，还收藏有他的写生画册和书简等。

黑田清辉(1866-1924)，可以说既是一个在日本近代美术史上留下了巨大脚印的画家，又是一个教育家，同时还是一个美术工作上的行政专家。他在革新明治中期西洋画方面功绩巨大，其影响遍及文化艺术各个领域。黑田生于现在的鹿儿岛县鹿儿岛市，自幼赴京，被伯父黑田清纲收为养子，嗣承香火。

黑田清辉17岁赴法国学习法律。两年后转学绘画，师事法国画家拉斐尔·科兰(Louis-Joseph-Raphaer Collin)。９年的留学生活中，他以古典学习为基础，掌握了采用明亮外光的印象派式的视觉方法。明治26(1893)年，黑田回国，给日本带回来前人所不了解的外光表现手法，和支撑这种手法的自由的精神和思想，对日本产生了极大的影响。明治29(1896)年，黑田组织结成了白马会，并成为同一年创设的东京美术学校(The Tokyo Art School)西洋画科的负责人。此后，黑田在白马会和东京美术学校培养后进的同时，逐渐成为美术界的中心人物。

此外，作为画家，他不仅在外光方面，还在古典主义的“构想画”(grand composition)的绘制方面作了尝试，如《智·感·情》(Wisdom,Impression,Sentiment)、《昔日旧话》(Talk on Ancient)等，致力于正宗西洋画的移植工作。晚年，在绘画创作的同时，他还历任了贵族院议员和帝国美术院院长等职，作为行政专家活跃于美术领域。